Die Ursachen von Mundgeruch können vielfältig sein. Deshalb kann Mundgeruch nur erfolgreich und langfristig bekämpft werden, wenn Ursache und Entstehungsort klar diagnostiziert sind.  Dem Zahnarzt kommt hierbei eine wichtige Rolle zu, da 87% der Mundgeruch-Ursachen in der Mundhöhle liegen: Speichel, Beläge auf Zunge und Zähnen, Zahnstein, Zahnfleischtaschen, Entzündungen des Zahnfleisches, Karies sowie sonstige Erkrankungen der Mundhöhle sind dabei relevante Faktoren.

In den letzten Jahren hat man herausgefunden, dass der Zungenbelag die häufigste Ursache für Mundgeruch ist, da sich etwa zwei Drittel aller Keime der Mundhöhle auf der Zungenoberfläche befinden. Keime (anaerobe gram negative Bakterien) zersetzen organische Substanzen aus Speichel, Nahrungsresten, abgestossenen Zellen (Epitheltzellen) und Blut. Es entstehen unzählige chemische Verbindungen, unter denen die flüchtigen Schwefelverbindungen (VCS = volatile sulphur compunds) wie Schwefelwasserstoff, Methylmercaptan und Dimethylsulfid für die Entstehung von Mundgeruch hauptsächlich verantwortlich sind.

Die zweithäufigste Ursache von Mundgeruch (4%) liegt im  Hals-, Nasen-, Ohrenbereich  (Kieferhöhlen, Nasen, Nasennebenhöhlen, Mandeln). In seltenen Fällen sind der Magen-Darm-Trakt (1%) oder Allgemeinerkrankungen Ursache für Mundgeruch. Bei Allgemeinerkrankungen, wie Diabetes, ist Azeton oder bei schweren Leber- und Nierenfunktionsstörungen Ammoniak für die Geruchsbildung verantwortlich.

Als begünstigende Faktoren für die Entstehung von Mundgeruch sind Rauchen, Alkohol, verminderter Speichelfluss (Mundtrockenheit), Mundatmung, Schnarchen, Stress, mangelnde Mundhygiene und verschiedene Ernährungseinflüsse, wie Fastenperioden und gewisse Diäten, zu nennen. Auch einige Medikamente sind für die Bildung von Mundgeruch verantwortlich: Dies geschieht entweder direkt durch Abatmen von Abbauprodukten (Metaboliten) über die Lunge oder indirekt durch verminderte Speichelbildung.